در حالی که با وجود پی‌نوشت رهبر انقلاب در ذیل نامه خاکسار قهرودی، رئیس سازمان حج و زیارت مبنی بر مخالفت آیت‌الله خامنه‌ای با الحاق عتبات از این سازمان به میراث فرهنگی و گردشگری، سرپرست جدید سازمان از سوی رحیم مشایی منصوب شده و رئیس سازمان حج نیز به دلیل نامه‌نگاری با دفتر رهبر انقلاب توبیخ شده، خبرنگار «آینده» اطلاعات منشر نشده‌ای را درباره میزان ولایت‌پذیری سید محمد خاتمی، رئیس‌جمهور سابق کشور از آیت‌الله خامنه‌ای منتشر کرد.
بنابر این اطلاعات خبرنگار «آینده»، در یکی از جلسات روزهای شنبه شورای عالی امنیت ملی در حالی که خاتمی رئیس‌جمهور وقت و رئیس شورای عالی امنیت ملی بود، موضوعی مطرح شده و پس از گفتگو و بحث‌های اعضای شورا، با نظر مساعد سید محمد خاتمی و ارائه استدلال‌های او در حمایت از آن، موضوع به تصویب می‌رسد.
دو روز بعد و در جریان جلسات هفتگی رئیس‌جمهور با رهبر انقلاب که روزهای دوشنبه به صورت هفتگی برگزار می‌شد، فرمانده کل قوا با اشاره به این مصوبه شورای عالی امنیت ملی، نظر منفی خود را نسبت به آن ابراز می‌کنند.
رئیس‌جمهور وقت نیز پس از دقایقی بحث درباره دلایل این مصوبه، زمانی که به رغم ارائه دلایل خود از قطعیت نظر رهبر انقلاب مطلع می‌شود، بحث را خاتمه داده و اظهار می‌کند، نظر رهبری فصل‌الخطاب است.
در جلسه بعدی شورای عالی امنیت ملی که 12 روز بعد از این دیدار تشکیل می‌شود، سید محمد خاتمی مجدداً موضوع این مصوبه را طرح کرده و اعلام می‌کند به عنوان رئیس شورای عالی امنیت ملی، پس از بررسی‌های مجدد، تصمیم به تغییر در نظر قبلی خود گرفته و مجدداً درباره موضوع جمع‌بندی صورت گرفته و مصوبه اصلاح می‌گردد.
در دیدار سید محمد خاتمی با رهبر انقلاب که ده روز بعد از این جلسه انجام می‌شود، آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به این که از طریق نمایندگان خود در شورای عالی امنیت ملی در جریان مباحث جلسه شورا قرار گرفته‌اند، اظهار می‌کنند: «آقای خاتمی! من بعد از شنیدن گزارش جلسه، شما را دعا کردم، چرا که هم نظر من را درباره اصلاح مصوبه انجام دادید و هم موضوع را با مسئولیت خود و بدون آن که هزینه‌ای از رهبری بکنید، تمام کردید.»
